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Domestication et évolution génétique, par Ludovic ORLANDO

Transcription, par Taos AÏT SI SLIMANE, de l’intervention Ludovic ORLANDO (AMIS - CNRS / UPS, Toulouse) lors du colloque « L’Animal à l’Anthropocène », organisé par le CNRS et MNHN, le 10-11 décembre 2020.

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Pour toute observation, correction, critique, etc., vous pouvez me contacter à cette adresse : tinhinane[arobase]gmail[point]com

Ouverture du colloque, le jeudi 10 décembre 2020 avec Stéphanie THIÉBAULT, Directrice de l’Institut écologie environnement du CNRS ; Bruno DAVID, Président du Muséum national d’Histoire naturelle, et une présentation des thèmes du Colloque par Serge MORAND (ISEM - CNRS et CIRAD, Bangkok) et Frédéric DENHEZ

Conférence introductive « L’Anthropocène, mutation des rapports avec le vivant », Christophe BONNEUIL (CRH - CNRS / EHESS, Paris).

Temps 1 : La domestication animale, de la révolution néolithique à l’édition génétique

Scénarios et conditions des premières domestications, Jean-Denis VIGNE (AASPE - CNRS / MNHN, Paris)
Communautés hybrides et théories autochtones de la domestication, Charles STÉPANOFF (LAS - EPHE / CNRS / PSL, Paris)
Approche socio-écologique de la domestication (Discussion sur les deux premières interventions) animée par Frédéric DENHEZ
Domestication et évolution génétique, Ludovic ORLANDO (AMIS - CNRS / UPS, Toulouse)
L’empreinte des premières domestications sur le squelette animal, Thomas CUCCHI (AASPE - CNRS / MNHN, Paris)
Table ronde Thème 1 - Animateur : Frédéric DENHEZ, intervenants : Stéphanie THIÉBAULT, Rose Marie ARBOGAST, Thomas CUCCHI, Ludovic ORLANDO, Charles STÉPANOFF, Jean-Denis VIGNE

Domestication et évolution génétique

Ludovic ORLANDO (AMIS - CNRS / UPS, Toulouse)

Frédéric DENHEZ : Mesdames, messieurs, re-bonjour !

Après la pause nécessaire, on redémarre sur le premier thème « La domestication animal de la révolution néolithique à l’édition génétique ». On ne va pas vous parler du Prix Nobel de chimie de cette année, on ne va pas vous parler des ciseaux moléculaires, mais on va quand même aborder la question génétique, avec Ludovic ORLANDO.

Beaucoup de questions sur internet sur la question traditionnelle, qu’on pose en Fac depuis toujours : « À partir de quand génétiquement on a une espèce domestique par rapport à l’espèce sauvage d’origine ? »

Ludovic ORLANDO, vous travaillez sur toutes ces questions, à propos de l’animal préféré de ma fille, ce qui ne surprendra personne, les filles aiment les chevaux … Vous êtes directeur de recherche, directeur de laboratoire AMIS, anthropologie moléculaire et d’imagerie de sa thèse, à Toulouse. Bonjour !

Ludovic ORLANDO : Bonjour à vous, et merci pour l’invitation, pour l’opportunité de présenter nos travaux.

Vous dites, que votre fille aime les chevaux, je n’en doute pas, mais les garçons aussi aiment les chevaux, moi le premier.

Ce que je vais essayer de faire aujourd’hui, c’est d’essayer de montrer comment les outils de quelqu’un comme moi, c’est-à-dire un généticien de l’évolution, a quelque chose à apporter sur notre compréhension de la domestication animale. Si on se souvient tout simplement que les animaux domestiques produisent des produits primaires tels que la viande, des œufs, mais aussi des tas de produits secondaires, nos textiles, la force animale, ou les produits laitiers, on comprend bien comment les généticiens et l’ADN, puisque c’est le support de l’information génétique, et ce qui cause la plupart des phénotypes que les animaux développent, comment il peut y avoir un lien intime entre la génétique et la domestication animale. D’ailleurs, il y a des instituts en France, notamment l’INRA, qui se sont fait les champions de l’étude de cette interaction entre les gènes et ce que l’on va pouvoir appeler communément l’amélioration génétique des animaux domestiques. Les généticiens ont très vite fait un grand nombre de travaux pour essayer d’améliorer les variétés domestiques, ce n’est d’ailleurs pas un hasard qu’ils se cachent derrière le fait que 95% de la production laitière en Europe se fasse par des vaches de type holstein, par exemple.

Moi, ce que je vais faire aujourd’hui, ce n’est justement pas de décliner cette histoire de l’amélioration génétique des variétés domestiques par l’homme, et certainement pas par l’ADN frais, celui que vous et moi ou les animaux domestiques ont dans la cellule, mais plutôt m’intéresser à un ADN de très mauvaise qualité, celui qui survit uniquement dans les vestiges archéologiques, pour faire le lien avec les travaux de « Jean-Denis, celui que l’on appelle l’ADN ancien, celui qui est abîmé et que l’on retrouve dans les sources archéologiques. Je vais vous proposer de faire de l’archéologie moléculaire.

La question qui sera en filigrane de mon exposé, est de se demander : pourquoi a-t-on besoin de cette molécule d’ADN ancien ? Pourquoi l’ADN vivant d’aujourd’hui ne suffit pas à comprendre l’évolution qui se cache derrière l’origine des animaux domestiques ?

Pour essayer de bien cerner cette question et d’y répondre le plus pertinemment possible, il me semble important de rappeler les trois grands principes que les généticiens de l’évolution utilisent généralement, pour essayer de comprendre, via la génétique, le comment se sont passés les phénomènes domesticatoires.

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Une première grande manière de faire : s’intéresser à la diversité génétique, qui caractérise les espèces sauvages, que j’ai notées ici avec des W, et les variétés domestique, que j’ai notées ici avec un D. Les 0 et 1, sont simplement le rappel des quatre lettres de l’ADN : A, C, G et T, que j’ai simplifié en langage binaire, pour que cela soit plus facilement repérable visuellement. Ce que font les généticiens de l’évolution, c’est utiliser cette source d’informations, ce texte génétique, et le transformer en modèle d’histoire des populations. Et, grâce à ces variations, ils sont capables de dire, avec leurs outils de la génétique des populations, vous le voyez, quand les lignées se sont séparées dans le temps et qu’elle a été la vitesse démographique, par exemple d’expansion des populations domestiques, et, a contrario, de d’érosion démographique des populations du monde sauvage.

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Ça, c’est très, très bien comme approche mais il faut savoir que derrière ce qui semble un modèle très, très, très, très précis, se cache une énorme incertitude, car les outils des généticiens de l’évolution n’ont pas une précision parfaite à la génération près, et souvent, ces incertitudes se cachent à la fois dans le timing, c’est à dire quand se sont fait ce divergences, mais également dans l’intensité, la magnitude que ce sont faits ces changements démographiques.

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Donc, premier point, les patrons, de la diversité moléculaire génétique, présents dans les populations actuelles, qu’elles soient sauvages ou domestiques, ne suffisent pas pour qualifier, avec une très grande précision, ces phénomènes domesticatoires.

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Ensuite, il y a des problèmes beaucoup plus fondamentaux : la diversité qui existe aujourd’hui n’est pas nécessairement toute la diversité qui a été pertinente au phénomène par le passé. Imaginons que des populations sauvages, notées ici en bleu, W4, ont existé, et mêmes contribué génétiquement à l’origine des phénomènes domesticatoires, mais si ces populations se sont éteintes aujourd’hui, et bien elles ne sont plus représentées en tant que source de diversité génétique dans le monde sauvage lui-même, si bien qu’on confondrait alors, parmi les variants génétiques que l’on prendrait pour caractéristique des domestiques, tout au parti, qui viendrait en réalité directement du monde sauvage.

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D’ailleurs, cet exemple est poussé à l’extrême dans le cas de la vache, puisque l’ancêtre sauvage des vaches, l’auroch, qui avait une silhouette somme toute assez remarquable, a complétement disparu, il n’existe plus à l’état de représentation actuellement. Donc, premier grand point, le généticien des populations se servent des patrons de la diversité génétique dans les populations actuelles, cependant il semble qu’il y a des exceptions et que cette approche-là ne puisse suffire.

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Deuxièmement un des grands jeux des généticiens de l’évolution, est d’essayer de trouver - c’est vraiment la tarte à la crème ou la question à un million de dollars - quels sont les gènes qui ont déverroué le monde sauvage afin de permettre, par l’éleveur, la domestication elle-même. Souvent, le principe qui est avancé pour faire ça, est d’essayer de trouver, comme vous le voyez ici, des variants génétiques qui sont communs à tous les domestiques, par exemple tous les chevaux domestiques, mais complétement absents du monde sauvage, car alors on peut imaginer que ces variations génétiques ce sont elles qui ont participé à l’arsenal génétique, qui a permis d’apprivoiser puis de domestiquer les animaux.

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Alors, ça aussi souffre de plusieurs imprécisions, parce qu’imaginons que ce variant soit partagé par tous les domestiques, c’est vrai qu’il peut être lié à la domestication elle-même, mais en réalité ce phénomène d’apparition et de fixation de la mutation a pu s’opérer bien avant la domestication elle même dans l’histoire de la séparation du monde sauvage avec ce qui deviendra plus tard le monde domestique.

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Donc, il n’est pas tout à fait certain que cette approche presque binaire de comparaison de sacs de variants génétiques suffise.

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À l’inverse, imaginons que les domestiques ce soient un petit peu échappés par des phénomènes de marronnage, ils ont pu envoyer leurs gènes dans le monde sauvage si bien que ce variant, qu’on ne prenait pas comme un variant important pour la domestication, puisque aussi retrouver chez le cheval, soit passer sous le radar des généticiens actuels. Deuxièmement, là encore, cette approche de se servir des patrons de diversité actuelle, semble ne pas suffire pour trouver l’origine génétique de la source de la domestication.

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Une troisième approche que les généticiens des populations aiment bien utiliser, est celle de regarder toujours cette diversité génétique aujourd’hui mais dans ses variations dans l’espace, le long des territoires.

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Afin de rendre l’image plus souple, j’ai résumé cette diversité spatiale-là sous forme de ronds de différentes couleurs. Vous imaginez que selon la couleur il y a plus ou moins diversité.

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Le présupposé pour les généticiens des populations de l’évolution, c’est : imaginons que le point orange soit le centre de la domestication et que les éleveurs soient partis de proche en proche, et aient semé leurs populations domestique de proche en proche, alors on peut retrouver dans le patron de diversité spatiale génétique, observée dans nos populations, un gradient de dilution de la diversité depuis le centre vers la périphérie.

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Ainsi, mes patrons spatiaux de la diversité de la population des populations domestiques peuvent nous servir à remonter, à rebours, sur ce qui doit être le plus vraisemblable foyer de la domestication initiale.

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Le problème de ça, c’est qu’évidemment les populations sauvages et domestiques ont pu avoir des déplacements secondaires au cours de leur histoire, il n’est pas tout à fait certain que le patron de la diversité, si une autre population venant d’ailleurs a ramené des variants génétiques dans ce gradient illusoire de diversité soit complétement lisible.

On voit bien que la génétique des populations et de l’évolution basée sur les variants génétiques actuels souffre de plein d’imprécisions, d’incertitudes de certains paramètres, qui conduisent à des incertitudes quant à la temporalité des phénomènes, une partie du monde sauvage qui a disparue vraisemblablement aujourd’hui, le fait que les populations ont été mobiles, … Une solution à tout cela, puisque le temps zéro actuel ne suffit pas, est de remonter le temps.

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C’est précisément ce que la génétique contemporaine nous permet de faire, puisque l’ADN survie dans des vestiges archéologiques, tels que les os, les dents, jusqu’à un peu plus d’un demi-million d’années. Si je reprends la fourchette temporale que Jean-Denis nous a présentée tout à l’heure, c’est largement suffisant pour couvrir les quelques 12 000, voire plus, de milliers d’années qui sous-tendent la domestication du monde animal. Cet outil-là est pertinent. On peut remonter le temps et non plus regarder que la diversité des populations actuelles, mais suivre, comme Le Petit Poucet, le processus de modification des animaux à mesure qu’ils sont repérés.

Évidemment, les molécules d’ADN actuelles sont en bien meilleure santé que celles qui ont été enterrées pendant dix-mille ans, douze-mille ans, voire 5 millions dans des vestiges archéologiques. Il faut des laboratoires dernier cri, qui ne souffrent pas de contamination par les molécules d’ADN modernes.

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Ensuite, il faut savoir qu’au cours des dix dernières années, il y a des techniques de séquençage, de toute dernière génération, qui sont capables en réalité en très, très peu de temps de séquencer l’ensemble des molécules d’ADN présentes dans un fossile, par milliard, et ainsi de nous permettre de décrypter, non pas un variant génétique, mais une variation présente dans l’ensemble du patrimoine génétique des animaux anciens.

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Évidemment, puisqu’il s’agit de milliards de séquences, vous imaginez très bien qu’un des pans de méthodes d’analysé nécessite ce qu’on appelle aujourd’hui volontiers l’analyse des Big-data, une capacité computationnelle très, très grande.

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Ce que je propose de faire ici - puisque dans mon laboratoire, qui certes s’appelle encore AMIS, mais il s’appellera bientôt le Centre d’Anthrepobiologie et génomique de Toulouse (CAGT) - c’est de prendre un exemple qu’on travaille énormément depuis plusieurs années ici, dans le cadre d’un projet soutenu par le Conseil de recherche européen, ainsi que France génomique, qui vise à comprendre l’origine la domestication du cheval.

Frédéric DENHEZ : Pourquoi le cheval, monsieur ORLANDO ? »

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Ludovic ORLANDO : La raison pour laquelle je prends le cheval, c’est parce que d’une part, c’est mon espèce préférée d’une certaine manière et au-delà de ça, c’est l’instrument d’histoire, c’est l’instrument l’Anthropocène, le cheval puisque c’est lui qui nous a permis de développer un art de la guerre absolument différent de ce qui existait alors, pensez aux cavaleries, à la monte à cheval avec les hommes à sabre ou à arc et flèches, mais pensez également au fait que la mobilité, puisqu’on pouvait se déplacer bien plus vite, bien plus loin en très, très peu de temps, et ainsi amener nous-mêmes notre culture, nos langages, nos gènes, nos maladies, de par le monde.

Frédéric DENHEZ : Pour vous, l’Anthropocène, c’est la domestication du cheval ?

Ludovic ORLANDO : Oui, d’une certaine manière on pourrait proposer ça, je ne sais pas ce qu’en penseraient les autres intervenants, historiens.

Frédéric DENHEZ : On demandera à Christophe BONNEUIL.

Ludovic ORLANDO : Les historiens qui ne divisent pas les âges préhistoriques en âges de la métallurgie mais au contraire qui se servent de l’avant et après domestication du cheval pour expliquer la dynamique sociale et historique des phénomènes humains.

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Bref, d’abord pour cette raison évidemment, mais aussi parce que le cheval, c’est le meilleur exemple pour illustrer l’axe que j’ai voulu défendre aujourd’hui, à savoir qu’il faut de l’ADN ancien. Parce que, si on regarde les patrons de la diversité dans les populations actuelles de chevaux, selon les marqueurs on voit qu’il n’y a pas du tout de différences entre l’Europe, l’Asie et le Moyen-Orient. Donc, on est bien en peine avec la diversité actuelle de trouver où est le foyer de la domestication du cheval, et c’est même pire que ça, par un autre bout.

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Pour montrer qu’en s’intéressant qu’aux patrons de la diversité présente dans le dernier cheval sauvage, celui Przewalski, qui vit encore aujourd’hui et l’ensemble des domestiques qui vivent de par le monde, eh bien, leur séparation remonte à bien avant la domestication, il a 35 à 50 mille ans, donc de l’ordre de 30 à 45 mille ans avant la domestication. De plus ces deux variants ont échangé des gènes au cours de leurs histoires, notamment très récemment au cours du XXe siècle. Donc, là encore la génétique des populations modernes ne doit pas suffire pour bien comprendre le phénomène.

Voyons ensemble ce que la génétique qui nous permet de remonter dans le temps nous a livré comme information. Tout d’abord, je vous propose de voyager à cet endroit-là du monde, c’est-à-dire le centre nord du Kazakhstan, à peu près 5 500 ans, à la fin du Néolithique dans la région, à la transition au cuivre-bronze, si je veux reprendre les repères métallurgiques.

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À cet endroit-là, qui s’appelle le Botai, je vous y amène parce que c’est l’endroit où les archéologues trouvent les premiers vestiges certains de la domestication du cheval, en ce sens qu’on retrouve 300 000 de vestiges de chevaux dans un village de type Botai de l’époque. Parmi les chevaux qu’on retrouve, ils ont des traces d’harnachement, ils étaient tenus en bride, leurs dents sont usés et montrent qu’ils mâchaient une bride. Il y a dans les céramiques, dans la vaisselle des gens de l’époque, des traces de lait de juments, donc on pratiquait la consommation du lait de jument. Et il y a des évidences archéologiques qui soutiennent le fait que les chevaux étaient parqués dans des enclos. Bref, c’est la première fois dans le registre archéologique qu’on trouve le cheval domestique.

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Pour des généticiens qui voyagent dans le temps, comme moi, c’est le l’occasion parfaite pour essayer de prendre l’évolution la main dans le sac, au moment-même où on domestique le cheval pour la première fois, et essayer de faire cette comparaison entre eux et tout ce qui vient par la suite. Ce qu’il y a en vert, ce sont les chevaux de Botai, nous en avons séquencé plus d’une vingtaine. Ils sont datés, comme je le disais, de 5 000 à 5 500 ans. On a séquencé une petite centaine autour, depuis 4 000 ans à aujourd’hui, pour essayer de suivre le post Botai, l’évolution génétique du cheval.

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Et ce que l’on trouve, pour essayer de le résumer en une diapositive, c’est quelque chose d’absolument surprenant. Alors, que c’est le premier berceau connu de la domestication du cheval, on s’attendait à trouver les chevaux botais, comme les ancêtres des chevaux domestiques actuels, ceux qui vont vite, qui sautent des obstacles, qui sont de différentes tailles, etc., alors qu’on les attendait comme parents de la branche domestique actuelle, en fait, ils sont les parents directs des chevaux que l’on appelle aujourd’hui les derniers chevaux sauvages, ceux de Przewalski. Et ça, c’est très, très important, puisque cela nous démontre donc qu’il n’y a pas eu qu’un seul phénomène de domestication du cheval.

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La première domestication du cheval a été abortive, elle s’est peut-être opéré à Botai mais après 5 000 ans, elle a été abandonnée d’une certaine manière, et les chevaux qui en ont résultés sont retournés à l’état sauvage. On dit qu’ils sont devenus des chevaux de marronnage, et ont survécu jusqu’à aujourd’hui sous la forme de cheval de Przewalski. Vous voyez en quoi le fait de ne pas remonter le temps est surprenant, parce qu’on les appelait jusqu’à ces travaux-là : les derniers chevaux sauvages. Ce que l’on démonte c’est que ce sont les seuls vestiges vivants de la première domestication du cheval.

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Ce que cela nous apprend aussi, c’est qu’il y a eu un second phénomène de domestication, post Botai, et qui a pris le pas sur Botai, et ce phénomène de domestication a donné la totalité de la diversité domestique des chevaux que l’on connaît aujourd’hui de par le monde. Cette transition entre les deux phénomènes s’est opérée après Botai et quelque part avant le premier cheval de l’autre type que l’on détecte dans notre jeu de données, il y a 4 000 à 7 000 ans.

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Ce qu’il y a de fabuleux, c’est qu’avec la génétique, on pourra construire la démographie des populations, avec l’axe des Y, ici, la taille des populations, l’axe des X, c’est le temps, aujourd’hui, c’est 0, à gauche, et plus on va vers la droite, plus on remonte le temps en milliers d’années. Mais, comment est-ce que l’on fait ça ? Eh bien, plus les populations sont larges, plus il y a de variants génétiques qui peuvent s’accumuler, qui ne sont pas perdus, ainsi la diversité génétique que l’on mesure un instant » t » est un indicateur direct de la taille des populations, qui se reproduisent à une époque.

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Si je zoome sur ce graphique, on voit que précisément entre quatre et cinq mille ans de ça, au moment même, que je vous indiquais, où se substituait le premier événement de domestication au second, et bien c’est là où l’homme, pour la première fois, apprend à reproduire le cheval d’une manière sans égale par ailleurs. Vous voyez que la démographie explose et devient exponentielle, et le cheval de ce second type arrive à envahir la planète.

Vous voyez comment on arrive, par la génétique de voyage dans le temps, à comprendre ce phénomène, dans une plus grande complexité. Ce que notre montre aussi, c’est qu’en réalité il n’y avait pas un sauvage, mais que le monde sauvage des chevaux était beaucoup plus divers qu’il n’y paraît aujourd’hui.

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Voilà les chevaux sauvages, comme vous l’avez compris, ils ne sont pas sauvages, ce sont les chevaux marrons de Przewalski, leur diversité est situé ici, dans ce graphique aujourd’hui, la diversité domestique actuelle.

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Et voilà la diversité que l’on a révélée dans le passé par nos travaux. Vous voyez cette constellation de points qui n’existent plus aujourd’hui, qui n’ont plus d’équivalents, et qui correspondent à autant de façons qui ont existé pour le cheval d’être un cheval sauvage par le passé.

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Ainsi, chez nous, en France, quand on regarde les peintures de la grotte Chauvet, par exemple, on les prenait volontiers, jusqu’à nos travaux, pour être la copie presque photographique des chevaux de Przewalski d’aujourd’hui.

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En réalité, il n’en est rien, ce sont deux versions génétiques du cheval, qui certes graphiquement se ressembles, mais qui n’ont rien à voir l’une avec l’autre. En fait, ce que nos travaux montrent, c’est que cette diversité cachée n’est pas limitée uniquement au monde sauvage, les domestiques eux-mêmes étaient plus divers dans le passé qu’ils ne le sont aujourd’hui.

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Nos travaux ont montré qu’au cours des quatre derniers milliers d’années, c’est toujours l’axe des X, ici, aujourd’hui 0 et à gauche, 4 000, veut dire 4 000 ans, et l’axe des Y, mesure à quel point un génome de cheval est variable. Vous vous rendez compte que pendant près de 4 000 ans de l’histoire, c’est-à-dire après ce second berceau de la domestication, et bien les chevaux sont restés très, très variables génétiquement. Bref, les éleveurs du passé ont réussi à maintenir, par leurs processus de management des chevaux, cette source-là. Mais, il s’est passé quelque chose d’assez radicale dans les trois derniers siècles où vous voyez que les éleveurs ont changé leur mode d’élevage, vraisemblablement, ce qui l’a conduit à une érosion très forte de la diversité génétique des chevaux qui existait. Et cette diversité perdue est de l’ordre de 16% de la diversité qui existait. Pourquoi cela ?

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C’est que, vraisemblablement, au cours des trois derniers siècles, on a commencé à reproduire les chevaux de manière très différente, on a commencé à faire de l’agronomie intensive, à reproduire des types, les chevaux de grande taille ensemble, le chevaux de petite taille ensemble, en ne permettant pas aux chevaux de se reproduire avec l’ensemble de leur homologues, mais qu’avec une sous-sélection de certains d’entre eux, une grand partie de la diversité disponible a été perdue.

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Avant-dernière chose que l’on voit dans nos travaux, c’est qu’on peut aussi retracer tous ses processus de mobilité des chevaux dans l’espace et le temps. Le meilleur exemple que je peux donner, est celui du cheval d’Europe, qui existait du temps des Romains, vous le voyez, ou du temps des Gaulois, ou du temps même des Vikings, que l’on a pu séquencer et qui n’existe plus à l’état actuel sur le continent, si ce n’est dans les îles d’Islande et de Shetland.

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En réalité, l’ensemble des chevaux qui existent par ailleurs sur le continent européen aujourd’hui, dérivent de chevaux qui vivaient à Perse, entre le deuxième et le cinquième siècle de notre ère, et ont vraisemblablement été amenés par l’expansion musulmane du VIIe et IXe siècle de notre ère. Vous voyez comment les changements très récent de l’histoire ont refaçonné la diversité spatiale des chevaux, que l’on a retrouvés sur notre territoire, seul le voyage dans le temps a permis de montrer cela.

Dernier point, il n’y a pas que leur distribution spatiale ou leur séparation vis-à-vis du monde sauvage qui nous intéresse, mais également les traits des chevaux, ce à quoi ils ressemblaient dans le passé.

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Vous conviendrez avec moi, que quand on pense au cheval, on pense à la vitesse avant tout, puisque c’est l’instrument par excellence de la vitesse. Eh bien, les généticiens des populations qui voyagent dans le temps, comme moi, sont capables de remonter le temps et de reconstruire les trajectoires de fréquence de certains variants génétiques au cours du temps. Aujourd’hui, c’est toujours à gaucher, il y a 4 000 ans, c’est toujours à droite, on voit certains variants, qui participent à la vitesse, au sprint du cheval, on commencé à être populaires en réalité que très récemment, dans les derniers milliers d’années, et non pas il y a 4 millions de ça, ce qui veut dire que ce que l’on dépeint aujourd’hui comme l’archétype du cheval domestique, la vitesse, est en fait un trait qui a été sélectionné que très récemment, vraisemblablement dans les derniers milliers d’années.

Ce que je voudrais résumer aujourd’hui, c’est qu’on voit bien que sans le voyage dans le temps, on se trompe, et que le passé avait une imagination beaucoup plus grande que le présent. Si on ne se limitait qu’au présent, il y a de fortes chances qu’on loupe beaucoup de séquences du film évolutif, qui a conduit à la situation qu’on peut observer aujourd’hui. Le processus de domestication a été très variable, dynamique, non linéaire, il s’est reposé sur une grande variabilité génétique, qui a été aujourd’hui en partie perdue.

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Je peux même ajouter que ces processus ont été variables d’espèces à espèces, puisque les mêmes travaux sur le cheval ont été faits sur d’autres espèces, telles que le porc, la vache ou le chien, ils ont tous montré cette dynamique et cette complexité, que je dis, pour preuve les flux de gènes entre le sauvage et le domestique ont été dans un sens ou dans l’autre, ou avec différentes intensités, en fonction de l’animal que l’on regarde.

Je voudrais, pour finir, rappeler qu’en tant que généticiens de l’évolution, je m’intéresse à l’évolution d’abord, mais n’oublions pas que c’est un processus socioculturel, celui de la domestication, et que les gènes ont leur grains de sel à apporter à ces phénomènes socioculturels. Comment est-ce qu’on voit ça ?

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C’est bien montré dans nos travaux sur les chevaux des Scythes, de l’âge du fer, nos grands nomades de l’âge du fer, qui vivaient il y a à peu près 2 500 ans.

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Ils enterraient des chevaux sacrifiés au moment de la mort de leurs princes et princesses. En séquençant ces chevaux, on est capable de dépeindre à quoi ils ressemblaient, par exemple, quelles étaient les couleurs, et on a pu démontrer toute la diversité des couleurs et d’autres traits caractéristiques qui existaient et qui participaient aux sacrifices, aux rites funéraires.

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Rite funéraire, ce n’est ni plus ni moins que ce qui accompagne socialement ou culturellement, le passage vers le monde de l’au-delà. C’est quelque chose qui ne serait pas entendu comme documenté par le domaine des gènes mais plutôt comme celui de la culture. Certes, les gènes permettent de répondre à ça.

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D’autre part, j’insiste aujourd’hui, parce qu’on s’intéresse à l’Anthropocène, sur les modifications qu’on a apportées au cheval lui-même, certes, mais il ne faut pas oublier que le cheval a été un instrument de l’histoire, donc il a à rebours, en rétroaction, si vous voulez, conditionné les chemins qu’a prit l’évolution et l’histoire humaine elle-même. Tous ces travaux que je vous ai dépeins sur le cheval, sachez qu’ils dépeignent aujourd’hui les différentes cultures humaines en regard de l’évolution de nos domestiques.

Pour terminer, je voudrais dire, que même si mon outil est centré sur le passé, regarde le passé, il est éminemment utile pour aujourd’hui et pour demain, puisque vous n’êtes pas sans savoir qu’il y a à peu près et 34% des variétés domestiques, toutes espèces animales confondues, qui sont menacées d’extinction aujourd’hui. Il y en a déjà 5% d’entre elles qui ont été perdues dans les cinq dernières années. Ça, évidemment, cela va nous poser un problème sociétal immense, puisque l’essentiel de nos modes de production reposent sur la domestication. En réalité, l’humanité s’alimente via la domestication.

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En remontant le temps, par exemple, avant cette érosion liée au monde moderne, la génétique que je vous ai proposée, celle du voyage dans le temps, est capable de caractériser les chevaux du XIXe siècle ou les variétés du XIXe siècle, qui étaient les plus diverses, et retrouver dans le monde actuel celles qui correspondent le mieux, afin d’essayer de maximiser leurs chances de survie dans les sociétés actuelles, et dans les temps futurs. C’est un travail que Clio DER SARKISSIAN a amené dans mon laboratoire, qui va vraiment utilisé les archives muséales de chevaux, pour essayer de proposer, avec l’association pour la préservation cheval de Przewalski, une meilleure stratégie de conservation de ce cheval, aujourd’hui menacé et qui a disparu à l’état sauvage dans les années 60.

Je vous remercie !

Et pour finir, je remercie tout le monde pour l’invitation. Je suis celui qui parle aujourd’hui, mais je suis l’arbre qui cache la forêt, puisque j’ai la chance qu’un grand nombre de gens, très compétents, travaillent avec moi sur l’ensemble de ces questions.

Je voudrais remercier également l’ensemble de mes sponsors.

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Frédéric DENHEZ : En effet, derrière votre phénotype se cache une multitude de génotypes ! Il y a beaucoup de monde derrière vous, une grande diversité de chercheurs.

Merci Ludovic ORLANDO, c’est assez ébouriffant ce que vous nous racontez. Je ne sais pas ce que je vais dire à ma fille qui marraine un cheval de Przewalski sur le plateau de la Margeride. Noël approche, je ne vais pas lui dire qu’il n’est pas tout à fait sauvage, qu’il est marron, on verra cela pour 2021.

Juste une petite question, je vous l’avez déjà posée par téléphone, mais elle revient sur internet : « Tout ce que vous nous racontez, est-ce que cela ne repose pas sur un biais, qui est celui d’un taux de mutation constant dans le temps ? » Voilà, c’est ma question

Ludovic ORLANDO : Les modèles de la génétique des populations reposent sur des hypothèses fortes sur le taux de mutation, celui que vous venez de noter, mais également sur le temps de génération, et bien d’autres choses. C’est vrai dans l’absolu, mais n’oublions pas que si l’on voyage dans le temps, puisqu’on a la radiocarbone datation, on sait dire que le cheval qu’on analyse à tel âge ou tel autre âge. En réalité on prend l’évolution presque comme une photographie, la main dans le sac, au moment où cela s’opère, on n’enferre pas l’âge que devrais avoir certains des phénomènes que l’on étudies.

Frédéric DENHEZ : Voilà, c’était ma seule et unique question. Je poserais les autres lors de la table ronde. […]

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